Visi

Balai Kekarantinaan Kesehatan menjabarkan visi yakni Mewujudkan Pintu Masuk Negara dan Wilayah yang Bebas Penyakit dan Faktor Risiko

Misi

1. Meningkatkan deteksi dini dan respon penyakit dan faktor risiko;
2. Meningkatkan kualitas kesehatan lingkungan dan alat angkut di pintu masuk negara;
3. Meningkatkan tata kelola kegiatan yang bersih dan akuntabel;
4. Peningkatan Sumber Daya Manusia.